Genelkurmay Başkanı olarak TSK'nın komutanı olduğunu ifade eden Başbuğ'un mahkemedeki ifadesinde şunları söylediği belirtildi:
"TSK dünyanın en güçlü ordularından biridir. Böyle bir orduya komutanlık eden bir kişinin silahlı terör örgütü kurmak ve yönetmek ile suçlanması gerçekten trajikomik diyebiliriz. Ben 202 yılı 30 Ağustos tarihinde Genelkurmay 2. Başkanlığına atandım. Atamam şu anki siyasi iktidar tarafından yapıldı. Bu görevi yaptığım 2003-2005 yılları arasında çeşitli vesilelerle Cumhurbaşkanı ve gerekse sayın Başbakan ile çalışmalarımız oldu. Yine bu siyasi iktidar tarafından 2006 yılında Kara Kuvvetleri Komutanı olarak atandık. Yine şu anki hükümet tarafından 2008-2010 yılları arasında Genelkurmay Başkanı olarak atandım. Sayın Cumhurbaşkanı, Sayın Başbakan, Milli Güvenlik Kurulu üyesi olarak bu hükümetin bakanları ile birlikte çalıştık. Bu dönemler içerisinde benim silahlı terör örgütü kurma ve yönetmem tespit edilememiştir ki bu üzerinde durulması gereken bir noktadır. Ben 30 Ağustos 2010 yılında emekli olduktan 1,5 yıl sonra böyle bir suçlama ile karşı karşıya kaldım. Çok üzücü anlaşılması zor, eğer ki benim faaliyetlerimi aktif görevim esnasında yaptığım iddia ediliyor ki bu faaliyetlerim o zaman da devletin yetkili makamlarınca anlaşılmamışsa bunu da anlamak mümkün değildir. Netice olarak böyle bir iddiayı duymak işitmek, silahlı kuvvetlere, ülkeye, devlete görev vermiş, şerefiyle onuruyla görev vermiş birisi için çok ağır bir iddia. Bu iddianın bu şekilde dile getirilmesi bile benim için en ağır cezadır. Bundan sonra ne ceza verilirse bu beni daha fazla üzmez
Benim görevim esnasında böyle bir şey varsa gereken yapılmalıydı. Bu kanaate nasıl ulaşılmıştır, basın açıklamalarımdan, internet andıcı konusu baylığı altında internet sitelerinde çıkan yazılar bir iki haber ile Genelkurmay itham edilmektedir. Ben savcılık sorgum esnasında ciddi bir soru ile muhatap olmadım. Eğer bunlarla bu sonuca varılarak ben suçlanıyorsam bu gerçekten çok acıdır. Bir iki basın açıklaması ve bir iki internet sitesi haberi ile hükümeti yıkmakla itham edilmiyorsam bu çok acıdır. Benim böyle kötü bir amacım olsa 700 bin kişilik gücü elinde tutan bir komutan olarak bunu yapmanın başka yolları olabilirdi. Ben görev hayatım boyunca her zaman kanunların ve anayasanın çizgisinde oldum. Ancak bugün iddia edilen suçlar ve bu suçlamaya giden değerlendirmeler dosyadan vakıf olduğumuz üzere benim dönemimle ilgili internet siteleriyle bir ilgim olmadığı da savunmalarımda mevcuttur.
30 Ağustos 2008'de Genelkurmay Başkanlığı görevime başladım. 4 Şubat 2009'da bu internet siteleriyle ilgili olarak bir haber yayınlandı. Konunun derhal incelenmesini istedik. İlk inceleme sonucunda, şekil ve teknik açısından bu sitelerin kanuna uygun olmadığı bilgisi bana verildiğinde bu siteleri kapattırdım. Aslanda bana teşekkür edilmesi gerekir ki ben bu siteleri kapattıran kişiyim. Bu andıç bana arz edilmedi, arz edilmiş olsa muhakkak üzerinde imzam ya da parafem olurdu. Bir kişi çıkıp bu andıcın üzerinde komutanın imzası ya da parafını gördüm diyen bir kişi dahi yoktur. Şubat 2009'da kapattığımız sitelerin içerikleri, nedir, burada ne yapılmıştır, konusunun cevabını veya bu konu ile ilgili bilgileri de ancak internet andıcı ile ilgili iddianame çıktığı zaman kısmen öğrendim. Bu durumda devletin aslında bana teşekkür etmesi gerekirken bugün nu konu ile suçlanmam tarihin acı bir cilvesidir. Yanı şunu demek istiyorum benim dönemimde bu internet sitelerinde suç teşkil eden bir tane olay ortaya konulmuşsa ki yoktur bunu da açıklamış olmak isterim."
İlker Başbuğ, sorulan bir soru üzerine "2. Başkan tarafından sayın komutana arz diye sunulan bir belge normal şartlarda bana arz edilmesi gerekir. Ancak kesinlikle arz edilmedi. Arz edilmiş olsa bir imza, bir paraf mutlaka konulurdu. Bu andıç, 2. başkan tarafından 1 Nisan 2009 tarihinde paraflanmıştır. İddialara göre bu andıcın bana 14 Nisan 2009 tarihinde arz edildiği iddia ediliyor. Ancak bu andıcın 2 Nisan 2009 tarihinde karargah içinde işleme girdiğini de görüyoruz" dedi.
Başka bir soru üzerine ise Başbuğ şöyle dedi:
"Bu bana okumuş olduğunuz İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tutanaklarındaki komutanın imzasını gördüm, komutan imzaladı yönündeki beyanlar sadece değerlendirmedir. Hatta aynı kişilerin daha sonraki beyanlarında bu kez de imzayı görmedim şeklinde savcıya beyanları vardır. Yüzbaşı Murat Uslukılıç ve Mehmet Eröz'ün 29 Aralık 2011 tarihli duruşmadaki beyanları komutandan veya Genelkurmay Başkanı'ndan evrakın geldiğinin söylendiği, ancak söz konusu internet andıcı üzerinde komutanın imzasını gördünüz mü sorusuna ikisinin de verdiği net cevap görmedim şeklindedir. Hatta daha sonra Yüzbaşı Murat Uslukılıç ifadesine şöyle devam etmiştir: İki evrak geldi evraklardan birisi Ermenistan ile ilgili bir evrak ve internet andıcı evrakı, Ermenistan evrakında komutanın imzası vardı. Diğerinde yoktu. Bu, yüzbaşı Murat Uslukılıç'ın ifadesidir. Diğerleri sadece değerlendirmedir. 2. başkan sayın komutana arz yazdığı zaman o evrakın komutana arz edilmesi gerekir. Ancak kesinlikle arz edilmemiştir."
"Andıç bir karargahtaki faaliyetleri başlatan bir eylemdir. Bu andıç ile 4 sitenin kurulması işlemi başlamıştır ancak bu sitelerin aktif hale gelmesi için andıç yeterli olmaz. Bunun olması için uygulama emri yayınlanması gerekir ancak bu konuda öyle bir şey de söz konusu olmamıştır. Üzerime atılı suçlamayı kabul etmiyorum. Serbest bırakılmamı talep ediyorum. Son olarak bir genelkurmay başkanının bir terör örgütü kurmak ve yönetmekle suçlanması, bu bana verilecek en büyük cezadır. Bunun bu şekilde söylenmesi bile verilecek en büyük cezadır. Bundan daha büyük cezanın olabileceğini ben düşünmüyorum. Takdir mahkemenizindir, bizler gelip geçiciyiz ancak sizler tarihe not düşeceksiniz."
