Yeni Platonculuk öğretisine bağlı olan Hypatia, Atina Akademisi'nin Eudoxus ün başını çektiği Matematik geleneğine üye idi. Hypatia doğayı; mantık, matematik ve deney ile açıklamaya çalıştı.

Hypatia, günümüze kadar ulaşmış olan sayılı kaynaktan biri olan Yunan tarihçi Socrates Scholasticus'u "Historia Ecclesiastica" adlı eserine göre; İskenderiye'nin en önemli iki figürü olan, İskenderiye Valisi Orestes ile İskenderiye piskoposu Cyril arasında anlaşmazlıklara sebebiyet verdiği ve politik işlere karıştığı gerekçesi ile 415 yılında kıptî Hristiyan bir çete tarafından taşlanarak öldürülür.
 
Hypatia'nın devrin en güzel kadınlarından biri olduğu ve Vali Orestes'in bizzat Hypatia'dan ders aldığı sıralarda Hypatia'ya aşık olduğu bilinmektedir. Anlaşmazlıklara ise Vali Orestes'in, İskenderiye'de —Piskopos Cyril'in kışkırtmaları ile— Hypatia'ya karşı hızla büyüyen nefretin önüne geçmeye çalışması olmuştur. Hypatia, İskenderiye'ye Hristiyanlığın hakim olduğu son yıllarında Piskopos Cyril  Hypatia'yı hedef göstererek İncil den yaptığı alıntılar ile halkı kışkırtmış ve Hypatia, halk tarafından "dinsiz" ve "şeytan" olarak nitelendirilmiştir. Kısa bir süre içerisinde de Kıptî bir Hristiyan çetesi tarafından taşlanarak öldürülmüştür.

Eserlerinden günümüze ulaşabileni yoktur; fakat Sinesius ile yazıştığı mektupların bir bölümü mevcuttur.

Hypatia öldürülmeseydi ve İskenderiye okulu kapanmasaydı insanlık bugünkü uygarlık düzeyine yüzlerce yıl önce kavuşur muydu?

İskenderiye, Makedon kralı Büyük İskender tarafından M.Ö. 332 yılında kurulan Yunanlıların, Mısırlıların, Yahudilerin huzur içinde yaşadıkları çağın bilim merkezi. Oysa bu güzel şehir, 5. yüzyılda Hristiyanlığın yaygınlaşması sırasında inanç savaşlarının merkezi olarak kazınacaktı hafızalara…

Bir çoğumuzun “Agora” filmini izledikten sonra tanıdığı güzeller güzeli bir kadın olan Hypatia M.S 370 yılında İskenderiye’de doğdu. Babası Theon, İskenderiye Üniversitesi’nde matematik hocası ve yöneticisi idi.

Sorgulamayı, araştırmayı seven meraklı bir genç olan Hypatia bu ortamda büyüdü, babasının rehberliğinde el sanatları, şiir, matematik, astronomi, geometri, felsefe konularında kusursuz yetişti. Zamanla babasının bilimsel araştırmalarda oyun arkadaşı halini aldı. Hypetia için din, bilimdi, felsefeydi. Babası kendisine tüm dogma dinleri öğretmişti, ama ardından da şunları eklemişti.

Bütün dogmatik dinler yanlışlarla doludur ve kendine saygısı olan bir kimse tarafından son gerçek olarak kabul edilmemelidir. Düşünme hakkını hep kullanmalısın, çünkü yanlış düşünmek hiç düşünmemekten yeğdir.”

Her anlamda kusursuz yetişmiş bir genç kadın oldu zamanla Hypatia, sadece bilimle değil sporla, müzikle donatılmıştı. O zamanlar hitabet Yunanlılarda hem bilim, hem de bir sanattı. Hypatia bu sanatı en iyi uygulayanlardan biri haline dönüşte zamanla…

Yıllar sonra babasından öğrendiklerine kendi kendine öğrendiklerini de katıp şunları yazdı:

Masallar masal diye, efsaneler efsane diye anlatılmalıdır. Boş inançları gerçek diye öğretmekten daha korkunç bir şey olamaz. Çocuk aklı bunları kabul eder ve çocuk yanlış şeylere inanır. Bu yanlış inançlardan arınmak çok zor olur, uzun yıllar alır.

İnsanlar boş inançlara bir gerçekmiş gibi inanıp uğruna dövüşürler. Hatta boş inançlar uğruna daha fazla dövüşürler çünkü boş inanç öylesine elle tutulmazdır ki çürütülmesi neredeyse olanaksızdır.”

Zamanla Hypatia üniversitede sevilen bir öğretmen durumuna geldi. Tarihçi Sokrat’a göre onun sınıfı, evi öğrencilerle, çağın bilgin ve düşünürleriyle dolup taşıyor, Avrupa, Asya ve Afrika’dan akın akın öğrenciler sırf onun derslerini dinleyebilmek için İskenderiye’ye geliyorlardı. Bu öğrencileri arasında ileride İskenderiye valisi olacak olan Orestes ve Ptolemais’in piskoposu olacak olan Synesius da vardı.

Herkesin ilgi odağıydı bu güzel kadın. Onu aşık olan onlarca kişi vardı ama O kibarca “Ben gerçekle evliyim”diyerek kendisine yapılan tüm teklifleri geri çevirirdi.

Yeni Eflatuncular denilen bir düşünce okulundan sayardı kendini. Ancak bu okulun düşünce yapısı Hristiyanlığın dogmatik ve bağnaz görüşleri ile çelişmekteydi.

Hypatia derslerini anlatırken, İskenderiye zor günler yaşamaktaydı. MS 412 yılında İskenderiye Patrikhanesinin başına Kiril(Cyrille) adlı bir papaz atanmıştı. “Parabolani” denilen, sözde zayıf ve yoksun halka yardım etmek adına toplanmış, din fedailerini etkisi altında tutmakta ve önce paganları, ardından Yahudileri katletmeleri için onları yüreklendirmekteydi.

Kiril kendini beğenmiş, dini istediği gibi saptıran ancak etkin konuşma biçimi ile halkı etkileyebilen biriydi. Asıl amacı din yaymaktan öte siyasi gücü ele geçirmekti. O dönemde İskenderiye’de siyasi güç Romanın atadığı, zamanında Hypatia’nın öğrencisi, aşığı ve zamanla en iyi dostu olan, o günün koşullarına göre aydın sayılabilecek Orestes’in elindeydi. Kiril’in amacı Orestes’i zayıflatmak olunca elinde çok güçlü iki kozu vardı:Din ve Hypatia

Bilim tarihinin en korkunç cinayetlerinden birinin planları yapılmaktaydı. Orestes’le Kiril’in dostluklarının tek engelin bir inançsız olan Hypatia olduğu ve onun yok edilmesi gerektiği söylentileri zamanla yayılmaya başlamıştı halk arasında. Ve zamanla bir cadı olarak ilan edildi Hypatia. Savunmasız bir şekilde üniversitenin kapısında yakalandı, çeşitli işkencelere uğradı ve 45 yaşında öldürüldü cahil halk tarafından Hypatia.

Ünlü matematikçi Hardy’nin söylediği gibi, Greek okulu Hypatia’nın ölümü ile sona erdi. Bundan sonra skolostik düşünce egemenliğini 1500 yıl sürdürecek ve bilimsel yönüyle karanlık çağa girecekti.